大明摄政王二年(1645年)三月至三年(1646年)十一月，在护龙军统一战争中，进行了绞杀张献忠大西政权的作战。大明摄政王元年(1644年)十一月，农民军领袖张献忠于成都称帝，国号大西。时护龙军主力正于山东、陕西与李自成大顺军作战，后又进军东南，与南明弘光政权作战，无暇西顾。

大西军在四川，主要与故明残军及官绅武装作战。二年十一月，大明摄政王龙辰以驻防西安内大臣李九成为定西大将军，领诸路兵马进兵四川，征剿大西军。

三年正月，大明摄政王龙辰又增派靖远大将军朴正恩入川。这样，大西军同时面临故明军队与护龙军主力的两面进攻，局势严重。

三月，故明川陕总督樊一蘅、兵部尚书四川督师王应熊，会师泸州(今属四川)，约期进攻大西军。故明参将杨展，亦攻大西军，取嘉定(治今四川乐山)，占领川南诸州县。

大西军十余万众试图顺长江东进湖北，遭到阻拦，于彭山(今四川眉山以北)败于杨展，退回成都。五月初五ri，朴正恩率部由西安向汉中进发。十八ri，护龙军抵鸡头关，击败大西军；及抵汉中，又击溃大西军贺珍营。

二十五ri，朴正恩遣麾下数将等分别于汉中、西乡(今属陕西)追击大西军贺珍、孙守法部和刘体纯部。

这时，故明总兵曾英、参将王祥联兵趋成都。在护龙军和明军、乡绅武装的多路进攻下，大西军于七月放弃成都，撤往陕西，“以蹑敌后”。

十一月，朴正恩率部抵四川南部县，大西军保宁(今四川阆中)守将刘进忠归降。

时大西军尚有部众数十万，列营于西充县境。朴正恩以降将刘进忠为向导，自己亲自为先锋，星夜兼程，进击大西军。

二十七ri凌晨，护龙军抵西充。时大雾弥空，大西军哨兵报后营路有盔甲声，张献忠谓其煽惑军心，立斩哨兵数人。

不多时护龙军已到，张献忠急率部将出营，至凤凰山。时护龙军已及营门，仅一小溪之隔。张献忠方引弓，却被朴正恩军中火枪手she中，阵亡。

大西军顿时惊溃，护龙军四出追击，破一百三十余营。大西政权亡。孙可望、李定国等收集余部，由顺庆(今四川南充)南奔，后于川滇黔地区坚持抵抗护龙军。

此后，朴正恩乘胜攻入四川中南部之荣昌、隆昌、富顺、内江、资阳、夔州及贵州之遵义等地，至顺治五年(1648年)二月，四川略定，班师回京。

征讨大西的过程中，朴正恩谨慎行军作战的风格得到最大发挥，以步步为营的方阵硬是将张献忠慢慢逼入了绝境，最后也算是张献忠命已该绝，死于乱军之后，看似人数众多的大西军皆是作鸟兽散。

再次向世人证明了，这些看似强大的农民军，不过是乌合之众罢了。