从嘉靖至万历前，骚扰海南严重的主要是外来海寇，而盘踞本岛的海贼以隆庆初年〔1568年〕兴起的李茂一伙为甚。李茂为琼山小林人，幼年时曾被海寇劫掠而贩至外地，后返海南加入林容一伙。隆庆初，李茂已多次寇掠澄迈、文昌、崖州等地。据《崖州志》载：“隆庆五年五月，海贼李茂，率众南下，寇崖州”，直到“六年闰二月，李茂率大舡离崖而去”。后来他又侵犯万州，入博敖港，攻击乐会、会同等地。其时又有海寇许万载入侵临高等，海南形势十分严峻。朝廷特命福建巡抚金事许孚远率兵围剿。此时李茂假意向政府乞降，表面协助征讨正在侵入临高的许方载等，实际却不断扩充实力。李茂在海南势力发展很快，仅几年便已成了“广东群盗所视以为高下者也”的巨魁，甚而具有“操戈一呼，群舰响应”的巨大威力。李茂的海盗活动，主要是从事亦商亦盗的珍珠贸易。其时海南出产小珍珠，质量甚高，成为东南亚市场中的畅销物品。珍珠贸易为李茂一伙赢得巨额财富，据《崖州志》所载:“三亚坡瘗银累累，常为行人所得，相传为茂瘗云”。可能是李茂在占据崖州后，曾经在三亚坡一带埋藏大量白银。后来李茂被招安，更利用职权，大肆盗取珠池。

万历十七年〔1589年〕正月，总督刘继文发兵征讨，虽然李茂被擒，但其余党却“扬帆入海，袭破清澜城，又犯万州、陵水，毁民居及兵船商舶”。虽然明廷以强大兵力歼灭了李茂一伙，但海南海盗活动并未平息。仅崖州一处，万历三十一年〔1603年〕二月，有贼突入大蛋港，烧毁兵船二只，劫掠民财。直到崇祯十五年〔1642年〕，闽人林八等作乱，不仅攻劫崖州港番人塘等村，甚至崖州州守瞿罕亦在途中遭林八伏劫。

明朝倭寇犯琼17次之多

倭寇。从字面上解释，倭寇是指来自日本的侵略者。前期的倭寇，是以日本人为主体，故被称为“真倭”。然而后期倭寇所指的已包括由日本人和南方中国人所组成的海盗集团。

在明朝两百多年的时间内，犯琼倭寇活动见于《琼州府志》记录的有17次之多，如：1378年4月，倭寇侵犯儋州沿海乡村；1386年5月，侵犯儋州、新英、洋浦等港；1387年，侵犯海口；1411年，侵犯昌化；1433年，侵犯儋州；1434年，入据清澜；1491年，侵犯陵水；1503年，劫掠东路洋面；1517年，又侵犯澄迈、临高，为明军击退；1558年，侵犯澄迈调陈等港；1571年，侵犯临高、海口；1572年初和海盗一起进犯；1573年，倭寇从海北抵新浦，为明军所获。上述倭寇的活动以永乐九年（1411年）的侵犯特别惨重：“倭攻陷昌化，指挥徐茂领军戍守，千户**战歿，军士死伤甚众，城中人口、食粮、军器皆被劫掠”。

番寇。特指来自东南亚一带的海盗。明清时代，从南洋来的番寇也不断侵入海南骚扰。其时番寇经常登陆地点是崖州、万州、清澜等处。如：“弘治七年〔1494年〕，番贼于东三所擒掳人船”。此东三所，就是指明朝在海南驻军的清澜千户所、万州千户所和南山千户所。尤其崖州之榆林港，每当“东南风发，时有大泥（在今泰国南部）诸番沿海登岸抢夺滨民”；正德十四年〔1519年〕，“勃泥（在今文莱国一带）番入寇，登榆林港。知州陈尧恩，指挥谷正春等督军，斩获罗朝田等二十四人”。

此外，安南番寇也常劫掠海南，如成化七年〔1471年〕六月，“有交人驾使双桅大船越过海南偷捞珠池，劫掠客货，及滨海琼、雷等府亦各奏，海贼不时登岸杀掠人畜”，等等。

据海南地方志记载，从清朝至民国初期，侵扰海南沿岸及周边海区的海盗活动依然猖獗。《琼州府志》记录发生在顺治八年〔1651年〕至嘉庆十五年〔1810年〕间，海南各地发生的海盗事件就有24起。《崖州志》记载从1658年至1865年间，仅崖州地区发生的海盗事件就有10多起。