吕惠卿又兴起李士宁案件想要倾覆王安石。韩绛觉察到吕惠卿的用意，秘密奏知皇帝请求召回王安石。熙宁八年二月，王安石再次被委任为宰相，他接到诏令后，立即兼程赴京。《三经义》写成，王安石加官为尚书左仆射兼门下侍郎。任命他的儿子王蚞为龙图阁直学士。王蚞推辞不就，吕惠卿劝说皇帝接受他的请求，因此王、吕间猜疑成仇更加明显。吕惠卿被蔡承禧弹劾，在家等待皇帝的处理诏令。王蚞暗示御史中丞邓绾再次弹劾吕惠卿和华亭县知县张若济共同犯法谋利事，立案审查他们，吕惠卿被派出任陈州知州。
十月，彗星出现在东方，神宗下诏征求直言得失，以及询问政事之中不能与百姓相和谐的方面。王安石带领同朝大臣们上疏说：“晋武帝五年，彗星出现在轸宿；十年，又有孛星出现。然而晋武帝在位二十八年，与《乙巳占》所预言的日期不符合。这是因为天道遥远，先王虽然有官方占卜的预言，但他所相信的仍是人为之事。天文的变化无穷无尽，上下牵强附会，难道就没有偶然的巧合？周公、召公，怎么会欺骗成王。他们说到中宗在位的时间很长，就说‘中宗谦虚谨慎，兢兢业业，用天命约束自己，勤于治民不敢荒废政事’。他们说夏、商两朝维持很长时间时，也说是由于‘施行德政’而已。裨灶预言火灾能够应验，想用祭祀求免灾祸，国侨不听他的意见，裨灶就说：‘不采纳我的意见，郑国又将会发生火灾。’国侨没有听他的意见，郑国也没有发生火灾。有像裨灶这样的人，未免荒诞，何况今天的占卜星象之人呢？现在流传的占书，又是历代所禁止的，誊写讹误尤其不知道有多少。陛下的品德至善至美，不仅比商中宗更加贤能，而且周公、召公所说的话早已全部看过了，哪里需要蠢人、盲人再有什么陈述。我听说两宫太后因为这件事而担忧，希望陛下用我们所说的这些道理，尽力地开导劝慰。”神宗说：“听说民间极苦于新法。”王安石回答说：“冬天严寒，夏天暴雨，百姓尚且怨恨，这不用抚恤。”神宗说：“不能使冬天严寒夏天暴雨这种怨恨也没有吗？”王安石听后很不高兴，回家托病卧床，神宗安慰劝勉，王安石才上朝治理政事。他的同党出计谋说：“现在不要选取皇上历来不喜欢的人迅速提拔重用，那会使自己变轻，这时就将有窥伺君臣间隙的人。”王安石同意这个谋略。皇帝高兴王安石出来执政，听从他的一切意见。当时军队出征安南，密探得到安南的露布，说：“中国推行青苗、助役法，使平民百姓十分贫困。我国今天出兵，是要帮助拯救那里的百姓。”王安石恼怒，自己起草敕牍诋毁安南。
华亭案久久未能成立，王蚞把它交给门客吕嘉问、练亨甫共同商议，他们取来邓绾所列举的吕惠卿的事项，夹杂在其他的皇帝下达的文书中，王安石不知道这件事。省吏到陈州把这件事告诉了吕惠卿，吕惠卿报告给皇帝，并控告王安石说：“王安石完全抛弃了自己所学的先儒教诲，崇尚纵横家的末流方法，违背君命假传号令，欺骗皇上，要挟君主。一年之间极力干了许多恶事，纵然是古代丧失志行而倒行逆施的人，恐怕都没有这样的。”又揭发王安石在私人书信中写有“不要让皇上知道”的话。神宗把这些材料给王安石看，王安石谢辞说没有这些事，回家问王蚞，王蚞说出这些事的情况，王安石责备了他。王蚞愤怒怨恨，背上的痈疽发作而死。王安石公开宣布邓绾的罪过，说：“邓绾为我的子弟求取官职及举荐我的女婿蔡卞。”于是邓绾和练亨甫都获罪。邓绾开始是以依附王安石而做到谏官的，到王安石和吕惠卿互相倾轧时，邓绾极力帮助王安石攻击吕惠卿。神宗很厌恶王安石的所作所为，邓绾惧怕失势，多次留在皇上身边，说话无所顾忌；练亨甫邪恶不厚道，巴结奉承王蚞得到进用，这时他俩都被贬斥了。
王安石再次任宰相后，多次托病请求离职，到儿子王蚞死去，更是悲伤得不堪承受，极力请求解除枢要职务。神宗愈加厌恶他，罢免了他的宰相职务，任命他为镇南军节度使、同平章事、判江宁府。第二年，改任集禧观使，封舒国公。王安石多次乞求把自己的将相大印交还朝廷。元丰二年，再次被任命为左仆射、观文殿大学士。换官特进，改封荆国公。哲宗即位，加封司空。
公元1086年5月21日王安石去世，终年六十六岁，追赠他为太傅。绍圣年间，赐谥为“文”，配享神宗庙庭。徽宗崇宁三年，又配享文宣王庙，位次排在颜回、孟子之后，追封为舒王。钦宗时，杨时有议论，皇帝下诏停止王安石在文宣王庙配享。高宗采纳赵鼎、吕聪问的意见，停止王安石在宗庙配享，并削去他的王位封号。
早先，王安石诠释《诗》、《书》、《周礼》，写成后，颁布到学舍，天下称为《新义》。晚年居住在金陵，又撰写《字说》，书中多有穿凿附会之处。他的学说混合入佛经、老庄的思想。当时学习的人，没有人敢于不传授学习他的《新义》和《字说》的，主考官只用它为标准来录取考生，士人不得自立新说，先儒解释经书的著作，一切废除不用。废黜《春秋》这部书，不把它列在学舍里，甚至戏弄地看作是“断简残篇的朝廷公报”。
王安石还没有显贵时就已经名震京师。他不好奢华，自称是最为节俭，有时衣服脏了也不换，脸上脏了也不洗，人们都认为他这样很贤达。蜀人苏洵则说：“这是不近人情的做法。像这种人很少有不奸慝大恶的。”并作了《辨奸论》文以讥刺他，说他和王衍、卢杞是一类人。王安石性格倔犟，遇事不论对错，非常自信，他决定了的事就从不改变。至如讨论变法之事，王安石与朝中大臣争辩得不可开交。他引经据典，大发议论，动辄数百言，大家都驳不倒他。他甚至说：“天变不足畏，祖宗不可学，人言不可怕。”他执政期间，几乎把内外老臣都罢免完了，而大多提拔一些轻浮的有点小聪明的年轻人。很久以后，因全国发生大旱灾而被罢黜，自第二次复出为相后一年多又被罢免，此后，终神宗之世再没有被召用，他执政共长达八年之久。
王安石变法和20世纪30年代美国新政同为世界经济史上影响巨大的事件。1000年来，对于王安石变法的巨大历史意义，后人的认识越来越深刻，世界上对王安石进行积极评价的人也越来越多，不少人对王安石变法对当代的启示意义给予全面评价。王安石不仅是一位杰出的政治家和思想家，同时也是一位卓越的文学家。他为了实现自己的政治理想，把文学创作和政治活动密切地联系起来，强调文学的作用首先在于为社会服务，强调文章的现实功能和社会效果，主张文道合一。他的散文大致贯彻了他的文学主张，所作多为有关政令教化、适于世用之文。他的散文雄健简练、奇崛峭拔，大都是书、表、记、序等体式的论说文，阐述政治见解与主张，为变法革新服务。这些文章针对时政或社会问题，观点鲜明，分析深刻，长篇则横铺而不力单，短篇则纡折而不味薄。王安石的政论文在唐宋八大家中是突出的，他驾驭语言的能力非常强，其言简练明快，却无害于笔力雄健。其文以折为峭而浑灏流转，词简而意无不到。王安石不以书法名世，但在两宋及其后的笔记野史中，提及王安石书法作品及其艺术特点的记载不少。王安石存世的书法作品，首推《楞严经旨要》，现藏上海博物馆。该件全称《宋王安石书楞严经旨要卷》，纸本，纵宽29.2厘米，横长119厘米。欲知后事如何？且听下回分解。