夏人进犯大顺，韩琦建议停止岁赐，断绝双方的和市，派遣使者向夏人问罪。枢密使文彦博责难他，有的列举宝元、康定之事，韩琦说：“谅祚，是一位狂童，没有元昊那样的智谋计略，但边防军队大大超过以前。严厉地责问夏人，一定折服。”不久谅祚上表致谢，英宗对韩琦说：“完全像所预料的一样。”英宗卧床不起，韩琦入宫询问起居情况，并上言说：“陛下很久不亲自上朝，希望尽早设立皇储，来安定社稷。”英宗点头称赞，立即召学士起草制定，立颍王。
神宗即位，韩琦授职司空兼侍中，为英宗山陵使。韩琦执政三朝，有人担忧他专权。御史中丞王陶弹劾韩琦不赴文德殿为跋扈。韩琦请求离职，神宗为此将王陶贬职。永厚陵复土，韩琦不再入中书任职，坚决辞去官位。授职镇安武胜军节度使、司徒兼侍中、判相州。入朝言对，神宗流着泪说：“侍中一定要辞去，今天已经降制了。”赐予兴道坊住宅一区，提拔他的儿子韩忠彦为秘阁校理。韩琦辞去两镇之职，就只兼任淮南之职。
正遇种谔擅自攻取绥州，西部边境开始骚扰，改任永兴军判官，经略陕西。韩琦说：“边境守臣随意妄为，抛弃盟约埋下动乱的祸根，希望召集二府立即决断此事。”韩琦入朝辞谢，曾公亮等正上奏言事，希望与韩琦一起言事。神宗召见他们，韩琦说：“臣下从前是朝中官员，应当与他们共同议事。如今，是守卫之臣，不敢再参预闻听。”又说：“王陶指责臣下跋扈，如今陛下将陕西用兵之权授予臣下，又有像王陶一样弹劾臣下的人，这样臣下将会成为灭族之人。”神宗说：“侍中还不明白我的意图吗？”韩琦起初说绥州不应当攻取，不久夏人诱杀杨定，韩琦又说：“敌人既然如此，绥州如今不能放弃。”枢密院用韩琦开始的言论责难他，韩琦具体地叙述了其中的理由，最后终于保住了绥州。
熙宁元年(1068)七月，再次请求从相州告归。河北地震，黄河决口，调任大名府，充任安抚使，允许自己决断事情。王安石任宰相时，派遣常平使散发青苗钱，韩琦极力上言此事。神宗拿出他的上疏给宰相大臣们看，说：“韩琦是真正的忠臣，虽然人在朝外，仍不忘记朝廷之事。朕起初认为对老百姓有利，没想到会这样祸害老百姓。况且坊郭怎能实行青苗，却也强行实施这一办法呢？”王安石气愤地上奏说：“如果是顺从他们的愿望，即使是坊郭又有什么害处。”第二天，声称有病不上朝。在这时，新法几乎废除，王安石又出任宰相，更加坚决地坚持自己的意见。韩琦又恳切地上奏，王安石将其上疏交给条例司，让其他官员上疏进行驳斥，刊石颁行天下。韩琦更加恳切地申辩，最后仍不依从。这样韩琦请求解除四路安抚使，只兼管一路，王安石想阻止韩琦，立即允许了他的要求。熙宁六年(1073)，回到京师任相州知州。
契丹派遣使者要索求代北之地，神宗亲自书写诏书询问韩琦，韩琦上奏说：“臣下观察近年以来，朝廷考虑事情，好像不以大敌为忧虑。契丹见此情形一定产生怀疑，一定会认为我们有图谋收复燕南的意图，因此引用先发制人的办法，来制造祸端。导致契丹怀疑的理由，大致有七个方面：高丽臣属北方，断绝朝贡很长时间，现在以商船引诱而使之前来，契丹知道此事后，一定认为将要图谋他们。这是第一个方面。强行夺取吐蕃的土地来建置熙河，契丹听说后，一定认为不久就要侵占他们的土地。这是第二个方面。在西山广泛种植榆柳，希望让这些榆柳成长起来，用来抵制敌人的骑兵行动。这是第三个方面。建立保甲制，这是第四方面。各州县修筑城池，这是第五方面。设置都作院，颁布弓刀新样式，大造战车，这是第六方面。在河北设置三十七将，这是第七方面。契丹一直是我们的敌对国家，由于这些事情而产生怀疑，不得不这样。
“臣下以前论说青苗钱事，谏官大肆诬蔑，如果不是陛下英明，几乎被砍头。从此以后，听说新法一天天颁行，不敢再论说。如今被陛下亲自召见询问，事情关系到国家的安危，论及此事而有所隐瞒，死有余辜。臣下曾经私自考虑，开始替陛下谋划时，必须说治国的根本，这个根本一定要首先积聚财富和谷物，在老百姓中招募士兵，这样就可以打击四方边境的少数民族。因此发散青苗钱，损失老百姓的利益，实行免役法，按照户等收取现钱；到设置市易务，小商小民，手足无措。新制每天都在颁行，不断更改没有常制，官吏茫然不知，不能详细记载，监司督察责难，以严峻刻薄作为英明。如今在农田中农民有埋怨，在商道上商人有感叹，官吏不安心本职，陛下不全部知道。想抗击四方边境的少数民族，来使国家出现太平，却首先使国家的根本动摇，众人埋怨离心离德，这是替陛下开始谋划的最大失误。
“臣下现在替陛下考虑，应该向契丹派遣使者友好往来，具体地说明以前所作的一切，都是平常的修防设备之举，没有其他的用意；疆界早就确定了，完全依照过去的边界，不能坚持这点来制造战乱，从而破坏多少代以来的友好关系。一些可疑的举动，如设置将官之类，都因此免掉。更加爱抚百姓，选择贤能之士，疏远奸佞谄谀之徒，任用忠诚耿直的大臣，使天下高兴服帖，边境防备一天比一天充实。如果契丹自己破坏盟约，这样就能够一举动用军队，收复原来的土地，发泄多少代以来的愤怒。”
奏疏进上，正好王安石再次任宰相，将所争夺的土地全部割让给契丹，东西七百里宽广，谏者认为十分可惜。熙宁八年(1075)，改任节制永兴军，再次上任，没有授职就死了，终年六十八岁。在死前的一天傍晚，在官署附近落下了一颗大星，马槽里的马都被惊了。神宗在苑中致哀，哭得十分悲痛。停止上朝三天，赏赐银三千两，绢三千匹，分发给两河的士兵来建造坟墓，篆写墓碑叫作“两朝顾命定策元勋”。追赠尚书令，谥号叫作“忠献”，配享英宗庙庭。常年让其儿子以及孙子一人在相州任官，来保护他的坟墓。按以往的规定，三省的长官，只有尚书令尤其重要，追赠的人一定要兼任其他官职。到韩琦时，只单独追赠一职。后来，又发布诏令，虽然应当追加策用，不再加用师保，这是认为韩琦高贵的缘故。
韩琦的亲戚曾献给他一只玉盏，说是由农人从坟墓中得到的，那玉盏的内外，找不出丝毫瑕疵，真是绝世之宝，为此他答谢了亲戚一百两金子，也就格外珍爱这只玉盏。有次他在家中摆宴，请来了负责漕运的大官们，并特别设置了一桌，上面铺盖著锦缎，将那玉盏放在桌子上，准备用来为座上的嘉宾敬酒。谁知在忽然之间，一个差役不小心碰倒了桌子，玉盏被全摔碎了，在坐的来宾无不惊愕，那人也赶忙趴在地上等候发落。这时韩琦不动神色地，先笑著对座上的客人说:“东西也总会有破的时候。”随即再对那人说:“你是因为不小心才打破玉盏，又不是故意的，这有什么罪呢?”韩琦的度量，就是如此般的宽大厚重。韩琦著有《安阳集》五十卷。《宋史》有传。《全宋词》录其词四首。存世墨迹有《小恳帖》、《信宿帖》。