位高权重的桓玄，就此有了篡晋的企图，他的亲信卞范之、殷仲文等人都暗劝他早受晋禅，私下已经把九锡文和册命文书都准备好了。公元403年阴历十月，他操纵晋廷封他为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，完成了篡位第一步。桓玄又让桓谦去试探手中有兵的刘裕，桓谦对刘裕说：“楚王桓玄功高德重，朝廷上下都认为会有禅让的事情发生，你觉得如何？”刘裕马上表示：“楚王是桓温的儿子，他勋德盖世，现在晋室衰弱，民心也不再向着东晋了，楚王乘运禅代，为什么不行啊！”桓谦听了大喜道：“你都说可以，还有什么不可以啊！”
这刘裕，字德舆，小名寄奴，是汉高祖刘邦弟弟刘交的第二十一世孙。传说刘裕出生时有神光照亮室内，当晚还降了甘露。有一次刘裕到京口竹林寺，在寺内讲堂中睡着了，一群和尚进屋一看，发现他的上面有五色龙形物体出现，大感吃惊并告诉了他，刘裕十分高兴地说：“僧人是不会说谎的”。当时有个叫孔恭的人很擅长看墓穴的风水，他看到刘裕父亲的墓时，说这是一块不平凡的墓地，刘裕听后更为自负。从此，刘裕总觉得身边有两条小龙，连旁人也曾看见过。还有一次刘裕去山中伐木砍柴，射伤了一条大蛇。第二天再去时，却听见有杵臼捣药的声音，发现有几个小孩子在制药。刘裕就问：“你们为什么要制药？”小孩子回答说：“我们的王被刘寄奴射伤，所以要制药医治。”刘裕追问：“你们的王既有神通，为何不杀了他？”小孩子却答：“刘寄奴是王者，不可以杀。”刘裕就把他们吓跑了，并拿走了他们的药。后来他在下邳遇见了一个僧人，僧人对他说：“江南地区会有动乱，令此地安定的人就是你呀。”僧人又给了刘裕一些伤药，接着就失去了踪影。刘裕手部本来就有伤患，一直都无法痊愈，但用了僧人的药一次后就痊愈了，刘裕于是把剩余的伤药和从小孩子那里得到的药视为珍宝，每次受了伤，只要用这些药都能医好。
刘裕出仕之初，是北府旧将孙无终的手下，后来跟了刘牢之。公元399年，孙恩、卢循在会稽起兵反抗晋朝，晋朝廷派前将军刘牢之去镇压。刘牢之请刘裕为参府军事，刘裕为人机智有谋，勇敢善战，多次克敌致胜，屡立战功，因功升建武将军、下邳太守、彭城内史。
刘裕早就看出了桓玄有篡位的野心，曾经想要讨伐桓玄，但部下劝阻他等桓玄篡位后再行动，所以他对桓玄篡位自然是要把扶上马再送一程，为的是以后自己好落井下石，痛打落水狗。公元403年阴历十一月，晋安帝被逼禅位于桓玄。十二月，桓玄筑坛于九井山，即皇帝位，追尊桓温为宣武皇帝，桓温正妻南康公主为宣武皇后，封其子桓升为豫章王。改元为“建始”，右丞王悠之忙进言说：“建始是‘八王之乱’中赵王司马伦篡位用过的年号”；桓玄马上下令更改，改为“永始”，但这个年号又是王莽篡汉时的不祥年号。据说桓玄即位当天，狂风呼啸，所有的仪仗旗皆被吹折刮散，桓玄临登御座时，龙椅忽然就垮了，朝臣们相顾愕然，幸亏殷仲文才思敏捷，在一边高叫：“陛下圣德深厚，地不能载。”马屁拍的有板有眼，恰到好处。晚上桓玄宴请群臣，他的坐帐以黄金为檐饰，四张雕木金龙，羽盖流苏，极尽奢华。但群臣私下相语：“此帐很像王莽篡位时用的‘仙盖’，金龙者，亢龙有悔也，都是不祥之兆！”可见桓玄这个国开的很不吉利。
桓玄登基后，为了宣示他的仁德，以皇帝之尊亲自为百姓断案，罪无轻重，都一律释放，有喊冤叫屈的，桓玄就用金银把他们打发走，用这种方法来收买人心。同时，他还喜欢事必躬亲，对手下的大臣百般刁难，让他们苦不堪言，由此公文堆积如山，也没有人敢去处理。在生活上，桓玄大兴土木，穷奢极欲，导致了徭役繁重，搞得民不聊生。桓玄篡位后，为了拉拢刘裕，提拔他当了徐兖二州的刺史。桓玄的皇后刘氏对桓玄说：“刘裕龙行虎步，一看就不是一般的人，恐怕他不会甘居人下，不如趁早杀了他！”桓玄不听，他说：“我正要平定中原，正需要刘裕这样的人才，等他把关、洛平定之后，我再想铲除他的办法。”于是刘裕就这样离开了京城，正所谓“蛟龙入海，放虎归山”。刘裕到京口后，就和何无忌、刘毅等人密谋讨伐桓玄，大家拿定主意后，刘裕招兵买马准备举事。公元404年春，何无忌谎称自己是朝廷的使者，带人骗开了京口城门，直冲桓府，杀了桓修，占领了京口重镇。
刘毅的哥哥刘迈胆小怕事，在京城接到刘裕等人的密信后，惊吓过度，手持密信向桓玄自首。桓玄大惊，马上就封刘迈为重安候，斩杀了和刘裕有联系的王元德、童厚之等人。第二天，桓玄想想不妥，又杀掉了刘迈，刘迈这个侯爷死得冤，封侯还不过十二个小时就被咔嚓了。桓玄眼见天下就要大乱，着手布置了兵马准备抵挡刘裕，桓谦等人要求马上召集大军先发制人，消灭刘裕，被桓玄以谨慎用兵为由拒绝了。他手下的皇甫敷、吴甫之二将被刘裕在江乘击败斩杀，全军覆没。刘裕又乘胜对覆舟山下桓谦的部队发起了攻击，桓谦的军队也被击溃。战败了的桓玄带着儿子桓升、侄子桓浚两个小孩和数千亲兵逃跑了。刘裕就此攻陷了建康，杀光了城里桓家的宗族。桓玄带上废帝晋安帝逃至寻阳，决定迁都江陵，开始厉兵秣马，积极备战，一月后，招募了二万兵马，准备消灭刘裕。可大战在即，桓玄却责怪手下的将领无能，肆意妄杀，使部队离心离德，手下的部队与刘裕军一触即溃，被打的作鸟兽散。桓玄一看只好亲自带兵与刘裕军决战。当时，桓玄虽然在兵力上占优势，但手下都没有斗志，被刘裕打的丢盔弃甲，桓玄勉强逃得了性命。桓玄身边的将领毛修之是毛璩侄子，眼见大势已去，想拿桓玄的人头投降刘裕，就劝诱桓玄入蜀，桓玄同意了。
毛修之和毛佑之等人把桓玄带入了埋伏，只见万箭齐发，桓玄身边两太监用身体保护桓玄，被射得像刺猬一样，当场身亡。桓玄也身中数箭，血流不止。他六岁的小儿子桓升一面哭，一面用小手拨去父亲身上的羽箭。这时刘裕手下一个叫冯迁的将领，跳上船来提刀逼近了桓玄，桓玄拨出头上价值连城的玉导，递给冯迁，喝问道：“你是何人，敢杀天子？”冯迁大叫：“我来杀天子之贼耳！”一刀就结果了桓玄，桓玄当时才三十六岁。同船的桓升虽是小孩，但气度不凡，正定自如地说：“我是豫章王，诸军勿见杀”。刘裕的兵将虽然凶残，但见这么一个粉雕玉琢的小娃娃如此举止，也没敢动手，被俘虏的桓升最后还是被刘裕下令斩首于市。
桓玄死后，桓谦和桓振手里还掌握着安帝司马德宗。听到桓玄死讯，桓振提剑，闯入晋安帝的住处，怒向安帝高叫：“我们恒家有什么对不起国家的地方，要遭到这样的屠杀！”白痴皇帝晋安帝目瞪口呆，不发一言。倒是他的弟弟司马德文连忙向桓振施礼，说：“这件事情不是我们兄弟的意思！”桓振这才消了气。不久，桓振听到桓升也被杀于闹市，心中大怒，又想杀安帝兄弟，被桓谦死死劝住。哥俩重推安帝为主，出兵抵抗刘裕，被刘裕击败，桓谦逃走，众人迎安帝反正。
桓振眼看大势已去，以酒当水，痛饮完毕，又乘醉突阵，战死于沙场。桓玄篡晋，是东晋门阀政治的尾声，这个短命政权终于被刘裕推翻。桓玄死后，堂兄桓谦、桓石绥等人仍坚持抗争达五、六年之久，直至晋安帝义熙六年（410）才宣告全部失败，桓氏家族彻底覆灭。刘裕平定桓玄之乱后，灭了西蜀、卢循、刘毅等南方的割据势力，统一了中国的南方，之后组织了两次北伐，攻灭了南燕和后秦，收复了黄河以南、淮水以北以及汉水上游的大片地区。公元418十二月，刘裕令心腹毒死了晋安帝，立司马德文为傀儡皇帝。公元420年，刘裕迫司马德文禅让，即皇帝位，建国号大宋，改元永初，是为宋武帝，至此东晋灭亡，中国进入了南北朝时代。欲知后事如何？且听下回分解。