元朝初年，政府曾屡次命令地主减租，以后这种禁令也废除了。元仁宗延祐二年（1315 年），又下令在两淮、江南“核实田亩”，但地主买通官府， 隐匿田产，而官吏又欲借此以“多括为功”，结果把两淮地区由农民耕作的沙碱土地，也作熟地充数。“苛急烦扰”，民不堪命，就在此时，激起了江西等地农民反对括田增租的斗争。
早在泰定二年（1325年），河南息州赵丑厮、郭菩萨的起义，提出了“弥勒佛当有天下”的口号，揭开了元末农民起义的序幕。顺帝至元三年（1337年），又有广东朱光卿、聂秀卿的起义，称“定光佛出世”。同年又有河南棒胡的起义，棒胡烧香聚众，起义者“举弥勒小旗”。至元四年（1338年）。彭和尚、周子旺在袁州起义，起义农民五千余人，“背心皆书佛字”。到了至正初， 小规模起义、暴动已遍及全国，仅京南一带的起义即达三百余起。[8]举行起义的农民多是汉人、南人，因此蒙古统治者对汉人、南人更加仇视。元丞相伯颜等人曾提出了要杀绝汉人张、王、刘、李、赵五姓的主张，同时又重申汉人不得执兵器，不得执寸铁，并且下今北人殴打南人不许还报等。这些禁令的实施，更激发了反抗的火焰。反抗蒙古统治者的各种各样的民谣到处传播。刘福通以“贫极江南。富跨塞北”为号召。当时有人说：“塔儿白。北人是主南是客。塔儿红。南人来做主人翁”。又说：“天雨线，民起怨，中原地，事必变”。这些民谣都强烈地反映了当时日益激化的民族矛盾和阶级矛盾。元末红巾军大起义正是民族矛盾与阶级矛盾的总爆发，而更主要是阶级矛盾。“莫道石人一只眼，挑动黄河天下反”，这是至正十年（1350年）普遍流行于黄河灾区的一个民谣。到顺帝至正十一年（1351年），果然因为挑动黄河，天下反了。这一年，元朝政府命工部尚书贾鲁发汴梁、大名等十三路农民共十五万人修治黄河，同时又派兵沿黄河镇压。就是这些黄河工地上服役的农民，点燃了红巾军起义的导火线。红巾起义爆发以后。一时“贫者从乱如归”，不出数月，黄河长江两淮之间，到处揭起起义的旗帜。
至正十一年（1351年）爆发的红巾军大起义，主要分为两支。一支起于颖州，领导人是刘福通，一支起于蕲、黄，领导人是徐寿辉、彭莹玉（即彭和尚）。同年五月，刘福通率领农民军攻下颍州。刘福通长期以来即以白莲教组织农民进行反元斗争。他最初在永年推韩山童为首，称韩为宋徽宗八世孙，“河、淮、襄、陕之民，翕然从之”。不料事机泄露，韩山童被捕，其子韩林儿逃至武安，福通即来颍州，攻下朱皋，在朱皋开仓赈济贫民，“从者数十万”。以后又相继占领罗山、真阳、确山、汝宁、息州、光州等地。八月，徐寿辉、彭莹玉攻下蕲州。彭莹玉是袁州“庄民家子”，自幼出家，以清泉为人治病，袁州百姓“事之如神”。他长期利用白莲教组织农民起义。至元四年（1338年）起义失败，逃匿淮西，淮民“争庇之”。至此彭莹玉又推布贩徐寿辉为首，在蕲、黄起义，建元治平，国号天完，很快便占领了武昌、安陆、沔阳、江州、饶州各地。这两支农民军头裹红巾，称为红巾军或红军，他们都信奉弥勒佛，烧香聚众，又称“香军”。此外，以红军为号的还有萧县芝麻李、南阳布王三、荆樊孟海马、濠州郭子兴，“两淮、丰、沛、许、汝、荆、汉”的农民都起来响应。红巾军的基本群众都是贫苦的农民。元末文人叶子奇说当时“人物贫富不均，多乐从乱”。明太祖朱元璋也说濠州地区，“民弃农业执刃器趋凶者万余人”。农民起兵抗元的根本原因是由于元末社会的贫富不均，阶级矛盾激化。但蒙古统治者的残酷的民族压迫也是重要原因。至正十四年（1354年），元顺帝听信奸臣谗言，把脱脱解职，脱脱统率的“大军百万，一时四散”，很多人都投入红巾军，刘福通的声势日盛。至正十五年（1355年）刘福通拥立韩林儿在亳州称帝，改元龙凤，国号大宋，史称“小明王”。中原各地的红巾军都接受了大宋的领导。 至正十七年（1357年），刘福通分兵三路伐元。东路由毛贵率领，扫荡了山东、河北等地的元军，直抵柳林、枣庄，离大都不过百余里。在大都（今中国北京）的蒙古贵族都纷纷建议北逃。但红巾军在河北中部遇到元朝援军的阻击，又撤回山东。中路由关先生、破头潘等率领，攻绛州，入保定路，折经大同，直趋塞北。至正十八年（1358 年）十二月，这支起义军攻占了上都（今内蒙古自治区多伦附近），烧毁了“富跨塞北”的蒙元宫阙，旋即转战辽东各地，并两度攻入高丽（今朝鲜）。西路由李喜喜、白不信等率领。 由荆州、樊城出武关，进攻长安（今陕西西安）。李喜喜入四川，余部又攻占了甘肃、宁夏等地。 与三路进军同时，刘福通也攻占汴梁，并以汴梁为都，于是“造宫阙，易正朔，巴蜀、荆楚、江淮、齐鲁、辽海，西至甘肃，所在兵起。势相连结”。正如红巾军檄文所说：“慨念生民。久陷于胡。倡义举兵，恢复中原，东逾齐鲁，西出函秦。南过闽广，北抵幽燕，悉皆款附，如饥者之得膏粱，病者之遇药石”，红巾军的反元斗争至此已达到高潮。以毛贵为首的红巾军在山东等地，甚得民心，有的人把得到的衣粮分与贫民，凡无罪而被掠者一律放还。“又于莱州立三百六十屯田。每屯相去三十里；造大车百辆以挽运粮储，官、民田只十取其二分”。又立“宾兴院”罗致人才。为了解除红巾军的威胁，元朝政府曾下令要把汉人一概捕杀，并把“诸蒙古、色目因迁谪在外者皆召还京师”。后来看到汉族地主也敌视红巾军，就宣告免除南人、北人的界限。凡起兵镇压红巾军的人都给以万户、千户、百户的爵赏。元朝政府还赐方国珍、张士诚龙衣、御酒，给以官号，收买他们为蒙古统治者效力。方国珍、张士诚接受了元朝的官号，转而与红巾军为敌。至正十二年（1352年），察罕帖木儿、李思齐等起兵进攻红巾军，“所在义士俱将兵来会”。同年，答失八都鲁也“招募襄阳官吏及土豪避兵者”，北上袭击毫州。答失八都鲁的军队于至正十六年（1356年）被刘福通歼灭，但察罕帖木儿得到元朝统治者的大力支持，军容日盛。至正十八年（1358年），察罕帖木儿以兵分镇关陕、荆州、河洛、江淮四地，又以重兵屯太行山， 成为红巾军最凶恶的敌人。汉族地主阶级在农民起义的过程中，一部分人始终对蒙元效忠，坚决与农民为敌。他们要“竭忠以报国家”。另一部分人则不愿做蒙古人的奴才，结寨自保，观变待机。也有一小部分人参加了农民军，这是由于汉族地主与蒙古统治者之间还存在着尖锐民族矛盾，有的人则是迫于农民军的威力。刘福通领导的红巾军逐渐处于不利的形势。北伐的三路大军在事前并无精密的布置，军令既不统一，彼此间也缺乏联系。关先生、破头潘和李喜喜的军队始终在各地流动作战，没有巩固的根据地，前方胜利，后方又遭到敌人的攻击。至正十九年（1359年），察罕帖木儿攻占汴梁，韩林儿、刘福通撤兵走安丰。这时，驻守山东的毛贵被部属赵君用所杀，察罕帖木儿乘机进迫山东，山东各城亦被察罕帖木儿占领。山东一失，安丰的屏藩就被撤除了。至正二十三年（1363年），张士诚围安丰，城破，刘福通遇难牺牲。刘福通、韩林儿领导的红巾军虽然失败，但是在反元斗争中，前后十三年，大小数百战，给予蒙古贵族和官僚地主致命的打击，已从根本上摧毁了蒙元王朝的统治。
与红巾军起义同时，又有至正八年（1348年）浙东方国珍和至正十三年（1353年）泰州张士诚的起义。方国珍出身佃农，传说他因杀收租的地主而逃命海上。张士诚以操舟运盐为业，因卖盐于富家，“富家不给值”，遂率众起兵。他们所领导的反元斗争，都牵制了元朝的军力，壮大了红巾军的声势。当红巾军以燎原之势向四方八面发展之时，蒙元政府派遣御史大夫也先不花前往镇压。也先不花率蒙古军三十万进驻沙河，企图一举扑灭刘福通领导的红巾军，但慑于红巾军的声威，元军夜惊，尽弃军资器械逃走。元朝政府又派丞相脱脱率军攻徐州芝麻李，元军会集徐州，这就使红巾军的两支主力得到发展的机会。
至正十二年（1352 年），徐寿辉、彭莹玉领导的红巾军攻占了杭州。他们在杭州等地，纪律严明，不淫不杀，只把归附的人登名于户籍，得到人民的拥护，队伍很快便增加到百万人。 徐寿辉领导的红中军经过多次血战，许多地区得而复失。彭莹玉也在战斗中牺牲[21]。以后徐寿辉又派部将明玉珍攻取四川，四川和云南一部分地区也被红巾军控制。至正二十年（1360年），徐寿辉为其部将陈友谅所杀，陈友谅即位做了皇帝，国号大汉。明玉珍不服陈友谅的领导，不久也在四川重庆自立，国号大夏。徐寿辉本人能力一般，但是所部诸将实力很强，其中傅友德更是传奇将领，后跟随朱元璋大将冯胜伐元。以五千部众横扫大漠。连胜七战。堪称传奇。另一员将领丁普初更是在鄱阳湖水战中捐躯死战，壮烈牺牲。还有一员大将双刀无敌赵德胜，在洪都保卫战中牺牲。徐本人最大的业绩就是发现并提拔了陈友谅，在中国历史上写下了光辉的一笔。这些统帅与将领。或与朱元璋为敌，励其志，或与朱元璋为君臣，扩充其实力，均为明朝的建立立下功勋。
当红巾军正在和元军主力进行艰苦斗争的时候，朱元璋开始独树一帜，逐渐发展了自己的势力。
朱元璋，濠州钟离（今安徽凤阳）人，原名朱重八。出身于一个贫农家庭，小时候为地主放过羊，做过和尚，至正十二年（1352年）参加濠州郭子兴领导的红巾军。至正十四年（1354年），他奉命南略定远。招降驴牌寨壮丁三千人，又夜袭元军于横涧山，收精兵两万， 随即进占滁州。至正十五年（1355年），朱元璋进兵和阳，渡江攻下太平、溧水、溧阳等地。这时，韩林儿在亳州称帝，他接受了韩林儿的官职、封号，军队皆以红巾裹头，亦称香军]。朱元璋军纪严明，又知人善任，文士如冯国胜、李善长等都为他出谋划策，勇猛善战的常遇春、胡大海也都来投奔他。 至正十六年（1356年）朱元璋占领集庆路（今江苏南京），改名应天，成为红巾军内部一支强大的武装力量。从至正十六年至十九年间（1356—1359年），朱元璋以金陵为根据地， 不断向外扩充其势力。这时，在他北面是韩林儿、刘福通，西面是徐寿辉，东面是张士诚，惟有皖南、浙东一部分地区驻守的元兵势力较弱。至正十七年（1357年），朱元璋派徐达、常遇春、胡大海分别攻占宁国、徽州、池州等地，第二年又亲自率兵攻克婺州。至正十九年（1359年）继续攻占衢州、处州，皖南以及浙东的东南部地区，此后这些地区都为朱元璋所控制。至正二十年（1360年），朱元璋罗致了浙东的地主文人刘基、宋濂、叶琛、章溢等人，特别是刘基、宋濂在朱元璋的开创事业中起了显著的作用。从此朱元璋进一步取得东南地主阶级的支持，巩固了他对这一地区的统治。朱元璋也注意恢复农业生产的工作。至正十八年（1358年），他以康茂才为都水营田使，在各地兴筑堤防，兴修水利，预防旱涝，经营农田。 又设管理民兵万户府，仿古代寓兵于农之意，选拔强壮农民，使其“农时则耕，闲则练习”，还屡次蠲免田赋。他还接受了朱升的“高筑墙、广积粮、缓称王”的建议]。这些措施收到一定的成效，在他统治的地区，农民生活比较安定，军粮也有充足的供应。在朱元璋占领浙东等地时，韩林儿、刘福通所领导的红巾军正遭遇到察罕帖木儿等元军及地主武装的袭击，徐寿辉又为部将陈友谅杀死。陈友谅力量虽强， 但“将士离心”“政令不一”，明玉珍也只是割据四川，偏安一隅。占据苏州的张土诚和浙东庆元的方国珍，早已归附了元朝。他们在所辖地区之内只知霸占田产，奴役佃户，腐化享乐，不关心人民疾苦，因而得不到人民的支持。这种形势极有利于朱元璋的发展。至正二十年（1360 年），陈友谅率军攻占太平，直入金陵，在江东桥为朱元璋所败。朱元璋复率军反攻，先后攻克饶州、安庆、洪都等地。至正二十三年（1363年），陈友谅与朱元璋会战于鄱阳湖，经过三十六天的血战，陈友谅中箭死，全军大败。第二年，其子陈理投降，至此，朱元璋解除了西方最大的威胁。至正二十四年（1364年），朱元璋自称吴王。至正二十五年（1365年），朱元璋把兵锋转向苏州张士诚。他采取了“煎其肘翼”的军事部署，派将攻占久被张士诚控制的高邮、淮安等地，一面又东向湖州、嘉兴和杭州，歼灭张士诚军的主力，然后进围苏州。至正二十七年（1367年，吴元年）九月，苏州城破，张土诚被俘自缢而死，三吴平定。据守庆元、温州、台州一带的方国珍也遣使归降。同年，又分别派将攻取广东、福建，朱元璋已据有东南半壁。 进攻张士诚时，朱元璋在檄文中已公开骂白莲教是“妖术”，说红巾军“焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状”。至正二十六年（1366 年）冬，他派人在瓜步杀了韩林儿，这时的朱元璋显然已成为地主阶级的代理人，新封建政权的统治者。朱元璋既打败江南的各个割据势力，更积极准备北上伐元。此时，蒙古统治者更加腐化堕落，元顺帝信任喇嘛僧，朝夕逸乐，宫廷的政变不断发生，军力也一蹶不振，只有倚靠扩廓帖木儿和孛罗帖木儿等人的地主武装支持残局。扩廓帖木儿守河南，李罗帖木儿守大同，李思齐、张良弼等守关中，他们彼此连年交兵，到处掠夺屠杀，给人民带来深重的苦难。至正二十七年（1367年，吴元年），朱元璋决意北伐。在宋濂等人草拟的一篇声讨元朝的檄文中，提出了“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民” 的口号。檄文中责备扩廓帖木儿、李思齐等“假元号以济私，持有众以要君”，指出这些人相互吞并是人民的巨害。同时更指出蒙古、色目虽不是汉族，只要“愿为臣民者”，皆与汉人同等对待。表现出朱元璋较为开明的民族政策。由徐达、常遇春等人率领的北伐军先后在山东、汴梁、潼关等地打败扩廓帖木儿、李思齐、张思道的军队。至正二十八年（1368年，明洪武元年）七月，徐达会诸将于临清，连下德州、通州等城，元顺帝率后妃、太子和一部分蒙古大臣从大都北逃。八月，北伐军进占大都，结束了元朝在全国的统治。这一年，朱元璋已建立了明朝，改元洪武，是为明太祖。之后朱元璋用了近20年的时间，消灭其他农民军，击溃元朝残余势力（北元），完成了中国的统一。轰轰烈烈的元末农民起义结束。